Skálholt betragtedes i en periode som Islands hovedstad og var opholdssted for nogle af landets berømteste lærde. BiskopGissur Isleifsson (1082-1118) skænkede 1096 sin fædrene gård til kirken som det første islandske bispesæde. 1630 nedbrændte den oprindelige gård. 1553-1785 var der en meget søgt latinskole på stedet, der nu er en bondegård.