The Shape of Water udfolder sig i Baltimore i 1962. Den enlige Elisa (Sally Hawkins) arbejder som rengøringsassistent i et laboratorium som drives af regeringen. Hendes liv ændrer sig for altid, da hun og kollega Zelda (Octavia Spencer) opdager et tophemmelig eksperiment på arbejdspladsen, en amfibisk væsen (Doug Jones) i en vandtank. Hun bliver venner med væsenet og til sidst også forelsket. Elisa planlægger en flugtforsøg for at slippe væsenet fri, men myndighederne følger nøje med.
Filmen er fra flere sider blevet beskyldt for at være et plagiat af den sovjetiske film fra 1962 Amphibian Man (på dansk Havets søn).[1][2][3]Indie Cinema Magazine bemærkede, at de har samme handling, navnet "Amphibian Man" anvendes i begge film, der begge foregår i 1962.[1]