Eintracht Frankfurt stand als erster Aufsteiger am 32. Spieltag fest. Die Hessen verbrachten das Gros der Spielzeit auf einem Aufstiegsplatz, und ab dem 26. Spieltag war das Team auch nicht mehr von Platz 1 zu verdrängen. Der 1. FC Nürnberg und SC Freiburg folgten am 33. Spieltag. Den Nürnbergern, die seit Beginn der Rückrunde unter den ersten Dreien standen, gelang damit als viertem Team innerhalb von fünf Spielzeiten der Durchmarsch von Liga 3 in die Bundesliga. Der SC Freiburg feierte den sofortigen Wiederaufstieg. Die Breisgauer wurden Herbstmeister, hatten in der Rückrunde aber etwas an Boden verloren und musste mit dem FC Gütersloh lange Zeit um Platz 3 kämpfen. Die ambitionierten Gütersloher hatten sogar am 31. Spieltag noch auf einem Aufstiegsplatz gestanden, von den letzten vier Spiele aber keines mehr gewinnen können.
Abstiegskampf
Der FSV Zwickau und der SV Meppen kristallisierten sich spätestens im Frühjahr als die ersten beiden Absteiger heraus. Zwickau stand nur an zwei Spieltagen (1 und 6) nicht auf einem Abstiegsplatz, dabei zumeist am Tabellenende, und stieg am 29. Spieltag ab. Eine Woche später folgte Meppen. Auch Carl Zeiss Jena war fast die gesamte Saison in der Abstiegszone zu finden, musste aber erst am 32. Spieltag die Hoffnung begraben.
Noch am 28. Spieltag hatten der VfB Leipzig (Platz 9) und SG Wattenscheid (Platz 10) sieben bzw. sechs Punkte Vorsprung auf den auf Platz 15 rangierenden FSV Mainz 05, der aber – ähnlich wie zwei Jahre zuvor – mit einem starken Endspurt (13 Punkte aus 5 Spielen) den Klassenverbleib sichern konnten. Leipzig und Wattenscheid gewannen hingegen kein Spiel mehr (Erstgenannte blieben dabei sogar ohne Punkt), sodass es am letzten Spieltag zum direkten Duell in Leipzig kam. Wattenscheid reichte ein torloses Remis zum Klassenerhalt. Mit Leipzig, Jena und Zwickau stiegen drei der vier Teams aus den neuen Bundesländern ab; einzig Cottbus verblieb in der Liga, somit stieg kein Aufsteiger direkt wieder ab.