Der 1. FC Köln war zum ersten Mal nur noch zweitklassig. Die Mitabsteiger Karlsruher SC und Arminia Bielefeld kehrten nach 11 bzw. 2 Jahren in die 2. Liga zurück. In die Bundesliga aufgestiegen waren Eintracht Frankfurt, der SC Freiburg und der 1. FC Nürnberg.
Aus den Regionalligen kehrten vier Vereine zurück: Der SSV Ulm 1846, Rot-Weiß Oberhausen (beide zuletzt 1988), Tennis Borussia Berlin (zuletzt 1994) und Hannover 96 (zuletzt 1996). Sie ersetzten die abgestiegenen SV Meppen, FSV Zwickau, Carl Zeiss Jena und VfB Leipzig.
Saisonverlauf
Aufstiegskampf
Bielefeld setzte sich früh im oberen Tabellendrittel fest und stand seit dem 21. Spieltag durchgängig auf einem Aufstiegsplatz. Die Arminia entschied dabei das Duell um Platz 1 mit der SpVgg Unterhaching für sich. Haching hatte den Aufstiegsplatz nach dem 11. Spieltag nur noch einmal abgeben müssen und war wie Bielefeld nach dem 32. Spieltag nicht mehr einzuholen. Unterhaching stieg damit zum ersten Mal in die Bundesliga auf.
Neuling Ulm war nach einer starken Hinrunde Herbstmeister geworden. Innerhalb der folgenden zehn Spieltage rutschte man auf Platz 7 ab, konnte in der Endphase aber doch wieder den Aufstiegsplatz 3 erobern. Engste Konkurrenten waren Mitaufsteiger Hannover 96 und Absteiger Karlsruhe, die vor dem letzten Spieltag nur drei bzw. zwei Punkte hinter dem SSV platziert lagen. Mit einem 0:0 gegen Fürth stieg Ulm knapp auf und wurde das fünfte Team in sechs Spielzeiten, dem der Durchmarsch in die Bundesliga glückte. Auch Ulm gelang der Sprung ins Oberhaus zum ersten Mal.
Abstiegskampf
Zum ersten Mal kamen alle vier Absteiger aus einem Bundesland (Nordrhein-Westfalen). Sämtliche Teams standen bis auf wenige Ausnahmen bereits nach dem ersten Saisondrittel in der Abstiegszone und konnten sich fortan nicht mehr befreien. Fortuna Düsseldorf stieg am 31., SG Wattenscheid am 32. und der KFC Uerdingen am 33. Spieltag ab. Am selben Spieltag folgte auch der FC Gütersloh, der sich mit Energie Cottbus das engste Rennen um den Klassenverbleib lieferte. Da die Cottbusser das direkte Duell am 30. Spieltag mit 5:1 gewannen und auch die letzten drei Spiele erfolgreich gestalteten, blieben die Lausitzer in der Liga.