Bamfordvirae

Bamfordvirae
EM-Aufnahme eines Virions (Virusteilchens) des Mimivirus
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Varidnaviria[1][2] Reich: Bamfordvirae[1]
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA Baltimore: Gruppe 1
Wissenschaftlicher Name
Bamfordvirae
Kurzbezeichnung
DJRV
Links
ICTV Taxon History: 201908707 NCBI Taxonomy: 2732005

Bamfordvirae bezeichnet ein Reich von Viren.^[8] Dieses Taxon ist gekennzeichnet durch Hauptkapsidproteine (englisch major capsid proteins) mit „double jelly roll“-Struktur (DJR-Viren).^[9][10] Vor der offiziellen Bestätigung durch das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) war diese Gruppe als PRD1-Adenovirus-Linie bezeichnet worden.^[11] Das Taxon ist nach Dennis H. Bamford benannt, der zuerst die evolutionäre Verwandtschaft aller Viren DJR-Hauptkapsidproteinen postulierte.^[12][13][11]

Vermutlich haben sich aus den kleineren Viren des Phylums Preplasmiviricota die Riesenviren des Phylums Nucleocytoviricota entwickelt (in diesem Fall wäre das Phylum Preplasmiviricota paraphyletisch). Auch wenn es sich bei den Preplasmiviricota tatsächlich um ein paraphyletisches Taxon handeln sollte, wird es für die Taxonomie der Viren verwendet, da die zugehörigen Taxa miteinander verwandt sind und charakteristische Merkmale aufweisen, die sie von Riesenviren unterscheiden.^{[9][15][16][17][18]}

Zu den Bamfordvirae gehören derzeit (mit Stand Ende April 2023) folgende vom ICTV bestätigten Mitglieder:^[19]

• Phylum Nucleocytoviricota (früher englisch Nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDVs) mit Pocken- und Riesenviren
• Phylum Preplasmiviricota (früher Polinton-artige Viren, engl. polinton-like viruses, PLVs) u. a. mit Tectiviridae (inklusive Phage PRD1), Adenoviren und Virophagen

1. ↑ Legende zum genetischen Netzwerk:
   Knoten:
   • Transpoviron – plasmidähnliches genetisches Element in den Genomen von Riesen-DNA-Viren
   • TLR1
   • NCLDV (Nucleocytoviricota)
   • Phagen
   • Adenoviren
   • Polintons
   • Virophagen
   Verbindungen:
   • Primase-Helikase
   • Integrase
   • DNA-Polymerase B
   • GIY-ZnR – GIY-YIG-Endonuclease (GIY)^[3] und Zn-ribbon domain (ZnR)
   • Cystein-Protease
   • Packaging ATPase^[4]
   • TLR 6F
   • TLR-Helikase
   • MV19-Peptidase (in Cyanophagen)
   • MV20 FNIP Repeats – englisch folliculin interacting protein (FNIP), ein Co-Chaperon des Proteins Folliculin^[5][6]

1. ↑ ^{a b} ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
2. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
3. ↑ IPR000305: GIY-YIG endonuclease. Auf: InterPro: Classification of protein families.
4. ↑ Joshua Pajak, Rockney Atz, Brendan J. Hilbert, Marc C. Morais, Brian A. Kelch, Paul J. Jardine, Gaurav Arya: Viral packaging ATPases utilize a glutamate switch to couple ATPase activity and DNA translocation. In: PNAS, Band 118, Nr. 17, 27. April 2021, e2024928118; doi:10.1073/pnas.2024928118, PMID 33888587, PMC 8092589 (freier Volltext) (englisch).
5. ↑ FOLLICULIN; FLCN . Auf: omim.org
6. ↑ Bernhard Zondek: Über das Schicksal des Follikelhormons (Folliculin) im Organismus. In: Hormone des Ovariums und des Hypophysenvorderlappens, Springer Berlin, Heidelberg 1935, S. 124–153; ISBN 978-3-642-90600-8; doi:10.1007/978-3-642-92458-3_16, Online ISBN 978-3-642-92458-3. Sowie Lancet 227, 356 (1934). - Skand. Arch. Physiol. (Berl. u. Lpz.) 70, 133 (1934).
7. ↑ Natalya Yutin, Didier Raoult, Eugene V. Koonin: Virophages, polintons, and transpovirons: a complex evolutionary network of diverse selfish genetic elements with different reproduction strategies. In: Virology Journal. 10. Jahrgang, Nr. 1, 2013, S. 158, doi:10.1186/1743-422X-10-158, PMID 23701946, PMC 3671162 (freier Volltext) – (englisch). 
8. ↑ Virus Taxonomy: 2019 Release. In: talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses, März 2020, abgerufen am 25. April 2020 (englisch). 
9. ↑ ^{a b} Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja, Mart Krupovič, Arvind Varsani, Yuri I. Wolf, Natalya Yutin, M. Zerbini, Jens H. Kuhn: Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins. In: ICTV Proposal (Taxoprop). Oktober 2019, S. 2019.003G, doi:10.13140/RG.2.2.14886.47684 (englisch, researchgate.net). 
10. ↑ Kathryn M. Kauffman, Fatima A. Hussain, Joy Yang, Philip Arevalo, Julia M. Brown, William K. Chang, David VanInsberghe, Joseph Elsherbini, Radhey S. Sharma, Michael B. Cutler, Libusha Kelly, Martin F. Polz: A major lineage of non-tailed dsDNA viruses as unrecognized killers of marine bacteria. In: Nature, Band 554, S. 118–122, 24. Januar 2018; doi:10.1038/nature25474 (englisch).
11. ↑ ^{a b} Mart Krupovič, Dennis H. Bamford: Virus evolution: how far does the double β-barrel viral lineage extend? In: Nature Reviews Microbiology. 6. Jahrgang, Nr. 12, Dezember 2008, S. 941–948, doi:10.1038/nrmicro2033, PMID 19008892 (englisch). 
12. ↑ Dennis H. Bamford, R. M. Burnett, D. I. Stuart: Evolution of viral structure. In: Theoretical Population Biology. 61. Jahrgang, Nr. 4, 2002, S. 461–470, doi:10.1006/tpbi.2002.1591, PMID 12167365 (englisch). 
13. ↑ Dennis H. Bamford: Do viruses form3lineages across different domains of life? In: Research in Microbiology. 154. Jahrgang, Nr. 4, 2003, S. 231–236, doi:10.1016/S0923-2508(03)00065-2, PMID 12798226 (englisch). 
14. ↑ S. Duponchel, M. G. Fischer: Viva lavidaviruses! Five features of virophages that parasitize giant DNA viruses. In: PLoS pathogens, Band 15, Nr. 3, 2019; doi:10.1371/journal.ppat.1007592 (englisch).
15. ↑ Natalya Yutin, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin: Origin of giant viruses from smaller DNA viruses not from a fourth domain of cellular life. In: Virology, Band 466–467, Oktober 2014, S. 38–52; doi:10.1016/j.virol.2014.06.032, PMID 25042053, PMC 4325995 (freier Volltext), ResearchGate (englisch).
16. ↑ Jonathan Filée: Route of NCLDV evolution: the genomic accordion. In: Current Opinion in Virology, Band 3, Nr. 5, Oktober 2013, S. 595–599; doi:10.1016/j.coviro.2013.07.003 (englisch).
17. ↑ David Moreira, Céline Brochier-Armanet: Giant viruses, giant chimeras: The multiple evolutionary histories of Mimivirus genes. In: BMC Ecology and Evolution: Evolutionary Biology, Band 8, Nr. 12, 18. Januar 2008; doi:10.1186/1471-2148-8-12, PMID 18205905, PMC 2263039 (freier Volltext) (englisch).
18. ↑ Tom Williams, T. Martin Embley, Eva Heinz: Informational Gene Phylogenies Do Not Support a Fourth Domain of Life for Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses. In: PLoS ONE, Band 6, Nr. 6, 16. Juni 2011, S. e21080; doi:10.1371/journal.pone.0021080, ResearchGate (englisch).
19. ↑ ICTV: Master Species Lists. § ICTV Master Species List 2022 MSL38 v1 (xlsx).