Die Baïse entspringt am Plateau von Lannemezan, im Gemeindegebiet von Capvern, entwässert in allgemein nördlicher Richtung und mündet bei Saint-Léger als linker Nebenfluss in die Garonne. Da sie in Trockenperioden wenig Wasser führt, wird sie – wie die meisten Flüsse am Plateau von Lannemezan – vom Canal de la Neste künstlich bewässert.
Der im Oberlauf Grande Baïse genannte Fluss ändert nach dem Zusammenfluss mit der Petite Baïse bei L’Isle-de-Noé seinen Namen und heißt ab da lediglich Baïse. Der gesamte Fluss wird aber immer als Einheit betrachtet.
Schiffbar ist die Baïse von ihrer Mündung bis nach Valence-sur-Baïse. Im 19. Jahrhundert wurde der Fluss für den Transport von Getreide, Mehl und Armagnac ausgebaut, heute wird die Baïse jedoch nur mehr touristisch von Sport- und Hausbooten genutzt. In Buzet-sur-Baïse hat sie auch eine Verbindung zum Garonne-Seitenkanal (Canal latéral à la Garonne).
↑Die Angaben zur Flusslänge beruhen auf den Informationen über die Baïse bei SANDRE (französisch), abgerufen am 7. April 2009, gerundet auf volle Kilometer.