Er führte auch eine eigene chemische Notation ein, wobei er sich vom logischen System von George Boole (Investigations of the laws of thought, 1854) inspirieren ließ. Er veröffentlichte es ab 1866 bei der Royal Society als Calculus of Chemical Operations[1]. Im Gegensatz zur Standardnotation von Berzelius benutzte er griechische Buchstaben, diese bezeichneten keine Atome, sondern chemische Operationen bezogen auf ein Einheitsvolumen von einem Liter, wobei Wasserstoff der Einheit entsprach (mit griechischem Symbol ). Das System spielte eine Rolle in zeitgenössischen Diskussionen der 1860er- und 1870er-Jahre, obwohl es wenige Chemiker ganz durchschauten – was sie hauptsächlich aufgriffen, war die aus seiner Notation abgeleitete Vorhersage, dass Elemente wie Chlor Wasserstoff enthielten. Letztlich scheiterte es an dem Unvermögen, Isomerie und Stereoisomerie zu beschreiben. Seine letzten Jahre verbrachte er in Torquay.
Beim Tod seines Vaters hatte er 1862 dessen Adelstitel eines Baronet, of Boxford in the County of Suffolk, geerbt. Bei seinem eigenen Tod 1880 fiel der Titel an seinen Sohn Benjamin Vincent Sellon Brodie (1862–1938).
