Bei den Kongresswahlen des Jahres 1972 wurde Shuster im neunten Wahlbezirk von Pennsylvania in das US-Repräsentantenhaus in Washington gewählt, wo er am 3. Januar 1973 die Nachfolge von John H. Ware antrat. Nach 14 Wiederwahlen verblieb er bis zu seinem Rücktritt am 3. Februar 2001 im Kongressabgeordneter. Zwischen 1995 und 2001 war er Vorsitzender des Ausschusses für Verkehr und Infrastruktur. Während seiner Zeit im Kongress endete der Vietnamkrieg. Im Jahr 1974 wurde auch die Arbeit des Kongresses durch die Watergate-Affäre belastet.
Bud Shusters Rücktritt am 3. Februar 2001 erfolgte aus gesundheitlichen Gründen. Es gab aber auch Spekulationen, dass er aufgrund innerparteilicher Regelungen seinen Ausschussvorsitz in der neuen Legislaturperiode hätte aufgeben müssen und er deshalb zurückgetreten sei. Bei der fälligen Nachwahl wurde sein Sohn Bill als sein Nachfolger in den Kongress gewählt.
