Die CAF Champions League 2006 begann am 17. Februar 2006 mit der ersten Runde und endete am 11. November 2006 mit dem Finalrückspiel zwischen CS Sfax aus Tunesien und al Ahly Kairo aus Ägypten. Sieger wurde Al-Ahly, das nach einem 1:1-Unentschieden im Hinspiel das Rückspiel in Sfax mit 1:0 gewinnen konnte. Dies war bereits der fünfte Erfolg des Vereins in der CAF Champions League.
Insgesamt nahmen 61 Mannschaften aus 50 Landesverbänden am Turnier teil.