Die Stadt liegt im Norden des Départements Nièvre, 40 Kilometer südlich von Auxerre und 70 Kilometer nördlich von Nevers, am Ufer des Flusses Yonne an der Einmündung des Beuvron. Der Stadtkern liegt auf einem schroffen Felsplateau über dem Fluss. Der Canal du Nivernais verläuft nahe der Stadt und verbindet die Städte Auxerre an der Yonne und Decize an der Loire. Der Kanal umgeht auf seinem Weg die Erhebung des Morvan, eines landwirtschaftlich geprägten und waldreichen Mittelgebirges.
Geschichte
Die Stadt wurde bereits im Jahr 634 unter dem Namen Clamiciacus erwähnt.
Clamecy erreichte vom 16. bis Anfang des 20. Jahrhunderts einen großen Wohlstand durch die Flößerei von Brennholz aus den Wäldern des Morvan in die Hauptstadt Paris. Hier war damals der große Umschlagplatz: in riesigen Auffangbecken wurden die im Morvan abgeholzten und auf der Yonne angeschwemmten Baumstämme aus dem Wasser gefischt und sortiert. Dann wurden sie zu großen Flößen zusammengestellt und nach Paris weiter transportiert. Der letzte Flößerzug verließ Clamecy im Jahr 1923. Weitere Einzelheiten über die Holzflößerei am Canal du Nivernais siehe unter Brennholzflößerei vom Morvan nach Paris
Am 18. Juni 1940 erschossen deutsche Soldaten 44 französische Kriegsgefangene afrikanischer Herkunft (Senegalesen der französischen Armee), die in einem nahegelegenen Lager untergebracht waren, nachdem einer von ihnen einen SS-Offizier angegriffen hatte.