César Baena kam im Jahr 2005, während eines mehrwöchigen Studienaustausches in Deutschland, erstmals mit dem Skisport in Berührung. Später trainierte er als Student der Universität Klagenfurt unter Anleitung von Tony Lindsberger in Österreich. Im November 2008 startete er beim 15-km-Freistil-Rennen in Muonio.[1]
Bei den Nordischen Skiweltmeisterschaften 2009 in Liberec startete er für Venezuela.[2] In der Verfolgung über 2 × 15 km erzielte er dabei den 60. Platz und beim Massenstart über 50 km den 56. Platz.[3] In der Sprint-Qualifikation erreichte er Platz 132 und damit den letzten Rang. Sein erstes von bisher drei Weltcuprennen lief er im Dezember 2009 in Düsseldorf, welches er auf dem 75. Platz im Sprint beendete.