Kurz nach seiner Pensionierung 2003 wurde bei ihm Leukämie und Parkinson festgestellt. Eckart Schibber verstarb 73-jährig und wurde auf dem Waldfriedhof Dahlem (Feld 010-545) beigesetzt.
Ehrungen
1999 Ehrendoktorwürde der humanmedizinischen Fakultät der Freien Universität Berlin.