Aus Protest gegen das Unfehlbarkeitsdogma schloss sich Windthorst den Altkatholiken an. Als bekennender Linksliberaler gehörte er von 1871 bis 1873 für den Wahlkreis Berlin 3 und die Fortschrittspartei dem Deutschen Reichstag an. Im Herbst des Jahres 1872 wurde er für Bochum ins Preußische Abgeordnetenhaus gewählt. Von 1873 bis 1879 vertrat er dort Bielefeld, wo er bis 1884 zunächst als Kreisrichter, später als Landgerichtsrat tätig war. Er gab jedoch diese Stelle auf, um Rechtsanwalt am Oberlandesgericht in Hamm zu werden. Von 1886 bis 1914 war Windthorst Stadtverordnetenvorsteher in Hamm.
In seinem Testament verfügte Windthorst, dass die Stadt sein Haus Südstraße 42 nach seinem Tode günstig ankaufen könne, vorausgesetzt, sie finde einen geeigneten städtischen Einsatzzweck. Der Museumsverein und der Magistrat der Stadt Hamm erwarben das Gebäude und benutzten es für das Gustav-Lübcke-Museum Hamm. 1958 bezog dann die Städtische Musikschule Hamm das Gebäude.
1907 verlieh die Stadt Hamm Eduard Windthorst die Ehrenbürgerwürde.
Literatur
Alfred Bruns (Hrsg.); Josef Häming (Zusammenstellung): Die Abgeordneten des Westfalenparlaments 1826–1978. Landschaftsverband Westfalen-Lippe, Münster 1978 (= Westfälische Quellen- und Archivverzeichnisse, Band 2)
Bernhard Mann: Biographisches Handbuch für das preußische Abgeordnetenhaus (1867–1918). Droste, Düsseldorf 1988, ISBN 3-7700-5146-7 (= Handbücher zur Geschichte des Parlamentarismus und der Politischen Parteien, Band 3)
Wilhelm Ribhegge: Preußen im Westen. Kampf um den Parlamentarismus in Rheinland und Westfalen 1789-1947, Münster 2008, bes. S. 219ff. und S. 237.
Städtische Musikschule Hamm. Drei Jahrzehnte kulturelle Leistung, Hamm 1972 (= Tatsachen und Berichte 5), S. 5.
Herbert Zink: Das Städtische Gustav-Lübcke-Museum in Hamm, Hamm 1981.
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