Montreux-Château (bei Belfort/Mulhouse) ← 102 km → Rheinfelden ← 158 km → Kreuzlingen (Konstanz) ← 28 km → Arbon ← 18 km → Rheineck – gesamt rund 306 km
Nördlich von Delémont führt der Weg durch die Ausläufer des Schweizer Jura in Richtung Basel. Ab hier verläuft der Weg auf meist ebener Strecke entlang des Hochrheins weiter zum Rheinfall bei Neuhausen, wo er wieder auf den E4 und auf den E1 trifft. Der Weg führt an den Südufern von Unter- und Obersee des Bodensees vorbei bis Rheineck und zur Grenze nach Österreich.
In Bregenz trennen sich die Wegführungen des E5 und des alpinen E4, der E5 zieht gemeinsam mit dem Maximiliansweg (entspricht der voralpinen Variante des E4) nach Hittisau und weiter nach Deutschland. Hier beginnt der alpine Abschnitt, der auf einer der ältesten Fernwanderrouten Europas verläuft. Der Weg führt über Oberstdorf hinauf zur Kemptner Hütte. Am Unteren Mädelejoch wird die Grenze zu Österreich wieder überschritten. Durch Deutschland führen rund 50 Kilometer des E5.
Wieder in Österreich werden die Allgäuer Alpen überquert. Der Weg führt über die Lechtaler Alpen zur Memminger Hütte, wo der Weg bis Zams ein kurzes Stück gemeinsam mit dem E4 geführt wird. Der Weg führt weiter über den Venet durchs gesamte Pitztal bzw. in einer neueren Variante über das 3030 m hohe Madatschjoch im Kaunergrat direkt in den Talschluss des Pitztals nach Mittelberg. Am Geigenkamm zwischen Pitz- und Ötztal werden kurz hinter der Braunschweiger Hütte erneut fast 3000 Höhenmeter erreicht. Über das Timmelsjoch wird die Grenze zu Italien überquert, womit der Weg rund 175 Kilometer durch Österreich führt. Eine weitere Variante führt über die 3019 m hohe Similaunhütte nach Italien.
Christian K. Rupp: E5 Oberstdorf – Meran/Bozen, Conrad Stein Verlag Welver, ISBN 978-3-86686-399-6
Meike Moshammer: Als Frau alleine über die Alpen – Auf dem E5 von Konstanz über Bozen nach Verona, Verlag Haag+Herchen GmbH Hanau, ISBN 978-3-89846-790-2
Veit Metzler und Hans Jürgen Gorges: Kompass Wanderführer 'Europäischer Fernwanderweg E5'. 11. Auflage. Deutscher Wanderverlag Dr. Mair & Schnabel & Co., Ostfildern 2000, ISBN 3-8134-0170-7.