Der Verein gründete sich 2003. Viele Spieler des ersten Kaders verließen den Okinawa Kariyushi FC nach einem Streit mit der Vereinsführung der Kariyushi-Hotelkette. Bereits in seiner ersten Saison gewann der Verein die Okinawa Prefectural Division 3 North und durfte auf Empfehlung des Fußballverbandes der Präfektur Okinawa zur kommenden Spielzeit direkt in der Division 1 spielen. Auch diese beendete der Verein auf dem ersten Tabellenplatz und spielte zur Saison 2005 in der regionalen Kyūshū Soccer League. Mit der Vizemeisterschaft und dem Sieg im regionalen Play-off, schaffte der Verein als erster auf Okinawa den Aufstieg in die JFL.
Im Dezember 2007 bestätigte der frühere Trainer der japanischen Nationalmannschaft Jean-Paul Rabier seinen Vertrag für die Saison 2008.
Im Januar 2008 beantragte der Verein die Mitgliedschaft zur J. League, wurde aber am 19. Februar durch das Komitee abgelehnt.
Rabier beendete seinen Vertrag nach einem Jahr. Gefolgt wurde er von Hiroyuki Shinzato, der 2012 durch Takeo Matsuda abgelöst wurde.
Zur Saison 2014 zählte der FC Ryūkyū zu den Gründungsmitgliedern der J3 League.
Vereinslogo und -farben
Die Vereinsfarbe heißt Bengara und hat einen Rotstich. Sie wird auch Rotocker genannt und ähnelt Clairet. Bengara leitet sich aus dem niederländischen Wort Bengala ab, welches sich wiederum von Bengal, eine Region zwischen Indien und Bangladesch, ableitet.
Da die Färbemittel traditionell aus Bengal nach Japan, wurde ihr der Name gegeben.
Okinawa ist sehr mit der Farbe verbunden. Die Burg Shuri in der Stadt Naha, eins der imposantesten Gebäude der Region, ist in Bengara gefärbt.
Auf dem Vereinswappen sind zwei Shisas zu sehen. Es handelt sich um eine Mischung aus Löwe und Hund und ist eine traditionelle Dekoration, die auf ganz Okinawa zu sehen ist. Meist befinden sie sich an Hauseingängen. Der linke Shisa hat üblicherweise den Mund geschlossen, während der rechte seinen geöffnet hat. Sie sollen böse Geister fernhalten.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Tapic Kenso Hiyagon Stadium (タピック県総ひやごんスタジアム) in Okinawa in der Präfektur Okinawa aus. Das Stadion, dessen Eigentümer die Präfektur Okinawa ist, hat ein Fassungsvermögen von 25.000 Zuschauern.
