Fargues-sur-Ourbise liegt etwa 37 Kilometer westlich von Agen. Im Gemeindegebiet entspringt der Ourbise. Umgeben wird Fargues-sur-Ourbise von den Nachbargemeinden La Réunion im Norden und Nordwesten, Anzex im Norden, Caubeyres im Osten und Nordosten, Ambrus im Osten, Pompiey im Südosten, Durance im Süden, Boussès im Süden und Südwesten, Houeillès im Westen und Südwesten sowie Pompogne im Westen.