François Schuiten stammt aus einer Brüsseler Architektenfamilie. Sein Bruder Luc Schuiten, der mit ihm gelegentlich als Comicszenarist zusammenarbeitet, ist ebenfalls Architekt. Bereits im Alter von 16 Jahren veröffentlichte François Schuiten seine Comics in dem Comicmagazin Pilote. Parallel zu seinen ersten Veröffentlichungen schrieb er sich am Institut Saint-Luc ein, wo er unter anderem bei Claude Renard lernte.
Sein bekanntestes Werk ist die mittlerweile 17 Bände umfassende Serie Die geheimnisvollen Städte (Les Cités obscures), die er mit dem Szenaristen Benoît Peeters entwickelte. Inhaltlich befasst sich Die geheimnisvollen Städte mit urbanen Parallelwelten und der Zerstörung des historischen Stadtbildes von Brüssel. Schuitens Verhältnis zur Architektur wird in diesen Bänden besonders deutlich und schlägt sich auch in der Art der Zeichnungen nieder, die von den GrafikenGiovanni Battista Piranesis beeinflusst sind, aber auch Elemente des Art déco enthalten. Die Reihe kann zu den prägenden Faktoren für die Entwicklung des Genres Steampunk gezählt werden.
François Schuiten fasst seine künstlerische Arbeit interdisziplinär auf und gestaltete neben seinem Comicschaffen die Brüsseler Metro-Station Porte de Hal/Hallepoort, die Pariser Metrostation Arts et Métiers und die Ausstellung „Planet of Visions“ auf der Expo 2000 in Hannover.
