1760 heiratete er Maria Antonia von Zelling aus Ravensburg, wo er das vom Vater ererbte Hofgut Büchel standesgemäß im barocken Stil aus- und umbaute. Die sechs Kinder des Paars werden jedoch in Altshausen geboren, das Hauptwohnsitz blieb.
1761 wurde er zum Baudirektor ernannt, übernahm das Amt des Kastenamtsverwalters in Ravensburg und erhielt den Titel eines Balleirats des Deutschen Ordens. In Ravensburg war er Mitglied der patrizischen Ballenzunft (ursprünglich Zunft der Fernhändler). Im gleichen Jahr wurde er Bauinspektor für die Ballei Elsass-Burgund und damit Beamter des Ordens.[1]
Alle Bauprojekte der Ballei mussten nun zur Begutachtung über seinen Schreibtisch laufen. Seine eigene architektonische Tätigkeit beschränkte sich daher meist nur auf den Entwurf; andere Baumeister waren für Ausführung und Details verantwortlich. Das machte eine exakte Zuschreibung an Bagnato häufig schwierig.
1773 übernahm er zudem das einträgliche Amt des Thurn- und Taxis’schen Posthalters in Altshausen.[2]
Als Architekt und Baumeister war er vielfach für Bauherren außerhalb des Deutschen Ordens tätig, so auch von 1759 an für den Konstanzer FürstbischofFranz Konrad von Rodt, unter anderem an der Fertigstellung (1759–1762) des Neuen Schlosses, am Reithof und an der Seminarkapelle in Meersburg.
Joseph Ludolf Wohleb: Das Lebenswerk der Deutschordensbaumeister Johann Kaspar Bagnato und Franz Anton Bagnato. In: Zeitschrift für Württembergische Landesgeschichte 11, 1952, S. 207–224.
