Von 1980 bis 2000 war Daneels Vorsitzender der Belgischen Bischofskonferenz und seit dem 15. September 1980 auch Militärbischof für Belgien. Von 1990 bis 1999 war er Präsident der katholischen Friedensbewegung Pax Christi Internationalis.
Danneels und seinem Weihbischof Paul Lanneau wurde in einem Gerichtsverfahren vorgeworfen, er habe seine Aufsichtspflicht gegenüber einem Geistlichen seiner Diözese verletzt, der wegen dutzendfachen Kindesmissbrauchs zu sechs Jahren Haft verurteilt worden war. In erster Instanz wurden Danneels und Lanneau zu je umgerechnet etwa 12.500 Euro Geldbuße verurteilt. Im Oktober 1998 sprach ein Berufungsgericht Danneels vom Vorwurf zivilrechtlicher Verantwortung mit der Begründung frei, dass zwischen einem Bischof und einem Pfarrer kein Abhängigkeitsverhältnis, das eine Verurteilung begründen könne, bestünde.[1][2]
Godfried Danneels war Teilnehmer am Konklave 2005, in dem Benedikt XVI. gewählt wurde. Schon Mitte der 1990er-Jahre wurde er oft als einer der jüngsten papabili angesehen.[3] Am 18. Januar 2010 nahm Benedikt XVI. Danneels’ aus Altersgründen vorgebrachtes Rücktrittsgesuch vom Amt des Erzbischofs von Mecheln-Brüssel an.[4] Am 27. Februar desselben Jahres trat er auch als Militärbischof zurück. Als einer der ältesten wahlberechtigten Kardinäle nahm er auch am Konklave 2013 teil.
Danneels hatte eine Vorliebe für Kunst und galt als Intellektueller.
Biografische Notiz zu Kardinal Danneels In: Presseamt des Heiligen Stuhls: Documentation – The College of Cardinals, abgerufen am 1. Mai 2023 (englisch)