Isayama besuchte die Hita Rinko Senior High School. Während dieser Zeit begann er Manga zu zeichnen und in Wettbewerbe einzureichen. Nach der Beendung der Schule schrieb er sich in das Manga-Design-Programm der Kyushu-Designer Gakuin ein. Nachdem sein One ShotAttack on Titan erschienen war, zog er nach Tokio, um seine Karriere als Mangaka zu verfolgen. Dort arbeitete er in einem Internetcafé.
2009 gelang Isayama der künstlerische Durchbruch. Seit dem 9. September 2009 (Ausgabe 10/2009) erscheint Attack on Titan als Mangaserie monatlich in Einzelkapiteln im Bessatsu Shōnen Magazine des Verlags Kōdansha. Die Mangaserie erfuhr eine Umsetzung als Anime sowie mehrere Adaptionen anderer Künstler. 2011 gewann Attack on Titan den Kōdansha-Manga-Preis in der Kategorie Shōnen.[1]
Isayama selbst gibt an, dass seine Arbeit besonders durch den Manga Arms beeinflusst worden sei.