Die I-39 ist in weiten Teilen eine weiträumige Umgehungsroute um Chicago, die in den 1980er und 1990er Jahren gebaut wurde. Für große Teile Wisconsins dient die Interstate außerdem als wichtige Anbindung an die südlicheren Städte wie Cincinnati, Louisville und Indianapolis ohne den Großraum von Chicago durchqueren zu müssen.
In Illinois beginnt die Interstate 39 an der Interstate 55 nördlich von Normal und verläuft anschließend entlang der Illinois State Route 251 in nördliche Richtung. Im Stadtgebiet von Cherry Valley nahe Rockford trifft die Straße auf die Interstate 90 und führt danach auf dem Jane Addams Memorial Tollway zur Grenze zu Wisconsin.