Baggesen war der Sohn sehr armer Eltern und musste schon als Zwölfjähriger als Kopist arbeiten. Der zeitlebens kränkliche Baggesen konnte dank eines Stipendiums für Theologie die Schule in Slagelse absolvieren und ab 1785 in Kopenhagen und Göttingen studieren. Schon während des Studiums nahm der aufgeklärte Student aus Verehrung für Immanuel Kant den zweiten Vornamen Immanuel an.
1785 trat Baggesen mit komischen Erzählungen im Stile Christoph Martin Wielands an die Öffentlichkeit, der überwältigende Erfolg ermöglichte ihm seine lebenslange Leidenschaft, das Reisen, etwa 1789, als er, anfangs zusammen mit der Schriftstellerin Friederike Brun, durch Deutschland, die Schweiz, Frankreich und Großbritannien fuhr. In Paris ist er dem Bund der Freimaurer beigetreten. Der offizielle Grund für diese Bildungsreisen war Baggesens Gesundheit. Tatsächlich aber wollte er aus Kopenhagen fort, weil er mit dem Libretto zur Oper „Holger Danske“, einer Gemeinschaftsarbeit mit dem Komponisten Friedrich Ludwig Æmilius Kunzen, spektakulär beim Publikum durchgefallen war.
Baggesen wurde 1796 zum Propst, 1798 zum Schulpräpositus und Theaterdirektor ernannt. Er gab diese Ämter nach einigen Jahren wieder auf und zog 1797, nach dem Tod seiner Ehefrau, nach Paris. Dort heiratete er am 1799 ein zweites Mal. 1811 nahm er einen Ruf der Universität Kiel an und lehrte dort bis 1813 als Professor für dänische Sprache und Literatur.
1813 ging Baggesen nach Kopenhagen zurück, wo seine kritischen Artikel gegen Adam Gottlob Oehlenschläger eine öffentliche Literaturfehde auslösten, die bis 1820 andauerte. In diesem Jahr starb seine zweite Ehefrau. Er selbst war verarmt und musste eine Gefängnisstrafe absitzen, weil er eine Schuld nicht begleichen konnte. Der zeitlebens von Depression bedrohte Künstler reagierte auf die Schicksalsschläge mit zeitweiliger geistiger Umnachtung.
Wieder gesundet, ging er nach Bern, reiste aber wieder viel und rastlos. Neben Besuchen in Paris und Weimar suchte er vergeblich Linderung seiner Krankheiten in den Kurbädern Teplitz, Karlsbad und Marienbad. Auf der Heimreise nach einer Kur starb Baggesen am 3. Oktober 1826 in Hamburg in einem Freimaurerspital. Das gemeinsame Grabmal für ihn und Carl Leonhard Reinhold befindet sich auf dem Parkfriedhof Eichhof bei Kiel.
Neben Liebeslyrik und begeisterten Oden an die Französische Revolution publizierte Baggesen vor allem von Christoph Martin Wieland und Ludvig Holberg beeinflusste Verserzählungen. In Dänemark wird Jens Immanuel Baggesen zu den großen Erzählern des 18. und beginnenden 19. Jahrhunderts gezählt. Sein bekanntestes Werk ist die Reiseerzählung „Das Labyrinth“, in dem er seine Eindrücke während einer Reise von Kopenhagen nach Basel im Jahr der Französischen Revolution 1789 beschreibt. In Deutschland ist sein Werk eher unbekannt, obwohl sich Baggesen stets für das friedvolle Miteinander und den kulturellen Austausch zwischen Deutschen und Dänen eingesetzt hat.
Werke (Auswahl)
1785: Komische Erzählungen
1789: Das Labyrinth oder Reise durch Deutschland in die Schweiz
Karin Hoff: Die Entdeckung der Zwischenräume. Literarische Projekte der Spätaufklärung zwischen Skandinavien und Deutschland, Göttingen 2003, ISBN 3-89244-703-9.
Manfred Jessen-Klingenberg: Jens Baggesen. Ein dänischer Dichter als Professor in Kiel. In: Begegnungen mit Kiel. Gabe der Christian-Albrechts-Universität zur 750-Jahr-Feier der Stadt. Hrsg. v. Werner Paravicini. Wachholtz, Neumünster 1992, ISBN 3-529-02722-7, S. 373–376.
Leif Ludwig Albertsen: Baggesen, Jens. In: Schleswig-Holsteinisches Biographisches Lexikon. Bd. 3. Karl Wachholtz Verlag, Neumünster 1974, S. 19–21.
Horst Nägele: Der deutsche Idealismus in der existenziellen Kategorie des Humors, Neumünster 1971.
↑Dass er dem Orden noch 1793 beitrat, wie gelegentlich behauptet wird, ist allerdings falsch; für Gothas Illuminaten wie für Bode in Weimar war der Orden ab 1787 nicht mehr aktiv. Vielmehr wurde Baggesen laut Protokoll vom 23. Juli 1793 sowie seinen eigenen Tagebuchaufzeichnungen in Gotha in die dortige FreimaurerlogeZum Compass aufgenommen, der allerdings viele ehemalige Illuminaten angehörten. (Logenprotokoll). Dass Baggesen dabei die beiden ersten Johannisgrade verliehen wurden, wie es im Protokoll heißt, macht es darüber hinaus unwahrscheinlich, dass er zuvor bereits Freimaurer war.
