1995 wurde Bohl Oberkirchenrat und Direktor des 16.000 Mitarbeitende beschäftigenden und 1.400 Einrichtungen umfassenden Diakonischen Werkes der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Sachsens (EVLKS) mit Sitz in Radebeul.
2004 kandidierte er für die Wahl zum Landesbischof der evangelisch-lutherischen Landeskirche Sachsens gegen Johannes Berthold (damaliger Rektor der Evangelischen Hochschule Moritzburg) und den Landeskirchenrat Peter Meis. Im vierten Wahlgang konnte er 43 der 85 Stimmen auf sich vereinigen.[6]
Ein besonderes Anliegen Bohls ist seit den 1980er Jahren die Versöhnungsarbeit mit Israel und Polen. Schon zehn Jahre vor der Wende in Deutschland pflegte er außerdem regelmäßige Kontakte zu Kirchengemeinden in der Deutschen Demokratischen Republik. Nach der friedlichen Revolution von 1989 sah er den interessanten Teil Deutschlands im Osten, weil „es hier etwas zu bewegen“ gab.
Bohl ist verheiratet. Er hat drei Söhne und wohnt in Radebeul.
Ihr seid das Licht der Welt – Der Öffentlichkeitsanspruch des Evangeliums. Festschrift zur Verabschiedung von Jochen Bohl als Landesbischof der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche am 29. August 2015, herausgegeben von der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Sachsens, 160 Seiten, Leipzig 2015, ISBN 978-3-374-04122-0
Das Eigene stärken – die Chance nutzen. Festschrift für Landesbischof Jochen Bohl zum 60. Geburtstag am 19. April 2010. Ev.-Luth. Landeskirchenamt Sachsens, Dresden 2010.
↑Olaf Opitz: Politik: Posten-Kollekte. Katrin Göring-Eckardt übt das zweithöchste Kirchenamt der Protestanten aus und will Spitzen-Grüne werden. Geht das? In: Focus. 37/2012, 10. September 2012.
↑Wahl des Landesbischofs am 27. März 2004. Verlauf der Wahl / Die Wahlhandlung. In: evlks.de. Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Sachsens, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 16. Dezember 2007; abgerufen am 4. Juni 2019.