Johannes Ilberg war seit 1891 verheiratet mit Johanna Devrient (1863–1929), Tochter von August Devrient, Bruder des Firmengründers von Giesecke & Devrient, Alphonse Devrient (1821–1878). Der Ehe entstammten zwei Söhne, darunter der Physiker Waldemar Ilberg.
Trotz seiner wissenschaftlichen Forschungen und der engen Verbundenheit mit maßgebenden Gelehrten seiner Zeit, blieb es Ilbergs Bestreben, Wissenschaft und gymnasiale Schulbildung miteinander zu verbinden. Dem Vorbild seines Vaters folgend, schlug er die pädagogische Laufbahn ein. 1884 wurde er nichtständiger Lehrer am Königlichen Gymnasium in Dresden-Neustadt. Von 1884 bis 1887 wirkte er als ständiger Lehrer am Vitzthumschen Gymnasium in Dresden und wechselte dann an das König-Albert-Gymnasium in Leipzig. 1903 erhielt er den Titel Professor verliehen. Von 1910 bis 1914 war er Rektor des Gymnasiums in Wurzen und anschließend in selber Position am Gymnasium in Chemnitz. Von 1916 bis zu seinem Eintritt in den Ruhestand 1924 war Ilberg Rektor des Königin-Carola-Gymnasiums in Leipzig. 1917 wurde er hier Oberstudienrat, 1919 Oberstudiendirektor.
Seine philologischen Forschungen führten ihn zur Mitwirkung an dem von Hermann Diels begründeten Corpus Medicorum Graecorum. Er verfasste zahlreiche Artikel für Wilhelm Heinrich RoschersAusführliches Lexikon der griechischen und römischen Mythologie und veröffentlichte Besprechungen in der Berliner Philologischen Wochenschrift, die sich durch Klarheit und Akribie[1] auszeichneten. Daneben schrieb er Aufsätze für wissenschaftliche Zeitschriften und Sammelwerke sowie für die Berichte der Preußischen und Sächsischen Akademie der Wissenschaften. Seit 1897 war Ilberg Mitherausgeber und von 1914 bis 1929 Herausgeber des im Teubner-Verlag veröffentlichten PeriodikumsNeue Jahrbücher für das klassische Altertum, Geschichte und deutsche Literatur, die ab 1925 unter dem Titel Neue Jahrbücher für Wissenschaft und Jugendbildung erschienen und häufig kurz Ilbergs Jahrbücher genannt wurden.
Studia pseudhippokratea, Dissertationsschrift, Leipzig 1883
Friedrich Theodor Hugo Ilberg. Erinnerungen an sein Leben und Wirken für seine Freunde und Schüler zusammengestellt, Teubner, Leipzig 1885
Das Hippokrates-Glossar des Erotianos und seine ursprüngliche Gestalt, S. Hirzel, Leipzig 1893 (Abhandlungen der Philologisch-Historischen Klasse der Königlich-Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften; Bd. 14, H. 2)
Prolegomena critica in Hippocratis operum quae feruntur recensionem novem, Teubner, Leipzig 1894
Die Sphinx in der griechischen Kunst und Sage, Edelmann, Leipzig 1896
Aus Galens Praxis. Ein Kulturbild aus der römischen Kaiserzeit, In: Neue Jahrbücher für das klassische Altertum, Geschichte und deutsche Literatur und für Pädagogik 15 (1905) S. 276–312
A. Cornelius Celsus und die Medizin in Rom, In: Neue Jahrbücher für das klassische Altertum, Geschichte und deutsche Literatur und für Pädagogik 19 (1907) S. 378–412
mit Max Wellmann: Zwei Vorträge zur Geschichte der antiken Medizin, Teubner, Leipzig und Berlin 1909 (Neue Jahrbücher für das klassische Altertum, Geschichte und deutsche Literatur und für Pädagogik, 21)
Die Überlieferung der Gynäkologie des Soranos von Ephesos, Teubner, Leipzig 1910 (Abhandlungen der Philologisch-Historischen Klasse der Königlich-Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften; Bd. 28, H. 2)
Die Ärzteschule von Knidos. S. Hirzel, Leipzig 1925 (= Berichte über die Verhandlungen der sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig. Philosophisch-historische Klasse. Bd. 76, Heft 3).
Vorläufiges zu Caelius Aurelianus, S. Hirzel, Leipzig 1925 (Berichte über die Verhandlungen der sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig. Philosophisch-historische Klasse, Bd. 77, H. 1)
als Hrsg. Soranus, Gynaeciorum libri IV (= Corpus Medicorum Graecorum. Band 4). Teuber, Leipzig/Berlin 1927.
Rufus von Ephesos. Ein griechischer Arzt in trajanischer Zeit, S. Hirzel, Leipzig 1930 (= Abhandlungen der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig, philologisch-historische Klasse. Bd. 41, Nr. 1).
Literatur
Rudolf Weinmeister: Das Lehrerkollegium des Königin-Carola-Gymnasiums während der ersten 25 Jahre seines Bestehens (1902–1927), in: Fünfundzwanzig Jahrfeier des Königin Carola Gymnasiums in Leipzig 1927, Königin-Carola-Gymnasium, Leipzig 1927, S. 4
F. E. Kind: Johannes Ilberg. In: Jahresberichte über die Fortschritte der klassischen Altertumswissenschaft 237, 1932, S. 7–37
↑Henry E. Sigerist. Activities of the Institute of the History of Mecicine. In: Bulletin of the Institute of the History of Medicine. Baltimore, Band 1 (1933), S. 46