Die John Muir Wilderness beinhaltet den höchsten Gipfel der Sierra Nevada, den Mount Whitney und auch den südlichsten Gletscher der USA in der Palisades-Gruppe. Die Fernwanderwege John Muir Trail und der Pacific Crest Trail sowie eine Vielzahl kleinerer Wanderrouten verlaufen durch das Schutzgebiet. Insgesamt werden rund 950 km Wanderwege rudimentär unterhalten. Wie in allen Wilderness Areas gibt es keine Straßen oder touristischen Einrichtungen. Menschen dürfen nur zu Fuß oder zu Pferd ins Gebiet. Als eines von sehr wenigen Wildnisschutzgebieten ist die John Muir Wilderness verhältnismäßig stark besucht, der Zugang ist daher reglementiert und wer einen der längeren Wege gehen und im Gebiet zelten will, braucht eine Genehmigung, die in großen Teilen des Jahres Monate im Voraus bestellt werden muss.