Josef Schmalzhofer war Sohn eines Schneidermeisters und erlernte das Maurerhandwerk. Als Maurermeister kam er vor 1860 nach Wien, wo er die Baumeisterkonzession erwarb. In Zusammenarbeit mit namhaften Architekten aus dem Umkreis Friedrich von Schmidts leitete er den Bau zahlreicher durch Industrialisierung und Bevölkerungswachstum notwendig gewordener Kirchen. Dabei wirkte er in nicht mehr nachweisbarem Umfang auch an den Entwürfen mit. Mehrere Kirchen entstanden ganz nach seinen Plänen.