Jules Hébert wurde im zu der Zeit von Frankreich annektierten Genf geboren. Er war ein Sohn des Emaillemalers Nicolas-Didier Hébert und der Catherine Sarah Olivier, die aus der Champagne stammte. Hébert erhielt Zeichenunterricht bei Jérémie Arlaud und bei Jean-Léonard Lugardon an der Schule der Société des Arts de Genève. Mit seinem Freund Barthélemy Menn nahm Hébert bei Jean-Auguste-Dominique Ingres in Paris Unterricht.