1981 gründete Werner das erste eigene Trio mit Ratzo Harris und Tom Rainey. Außerdem trat er Anfang der 1980er Jahre häufig mit Archie Shepp auf; 1984 wurde er Mitglied des Mel Lewis Orchestra. Daneben arbeitete er mit den Bands von Eddie Gomez, Tom Harrell und Joe Lovano und in Duoformationen mit Rufus Reid, Ray Drummond und Jaki Byard. Seit 1995 trat er mit Toots Thielemans im Duo auf, auch als Trio mit Oscar Castro-Neves und als Quartett mit Airto Moreira zusätzlich. Werner legte in den 1990er Jahren eine Reihe von Solo- und Trioalben vor, unter anderem für das Label Concord Jazz, die Auszeichnungen erhielten und auch kommerziell erfolgreich waren. 1998 erschienen zwei Alben in unterschiedlichen Triokonstellationen, die auch seine stilistische Vielfalt dokumentieren. Außerdem war er seit 1998 Pianist, Arrangeur und musikalischer Leiter der Schauspielerin und Sängerin Betty Buckley.
1999 gründete Werner ein neues Trio mit Ari Hoenig und Johannes Weidenmüller, das auch zum Kern größerer Besetzungen wurde; 2007 arbeitete er mit Bobby Selvaggio. Auf dem Album No Beginning No End betrauerte er den Verlust seiner Tochter, die 2006 bei einem Autounfall das Leben verlor;[1] in dem Werk für großes Orchester, das auf klassischer westlicher und indischer Musik und Jazz aufbaut, wirkten als Solisten Joe Lovano und Judi Silvano.[2] Auf dem Album Balloons: Live at the Blue Note spielte er mit Randy Brecker, David Sánchez, John Patitucci und Antonio Sánchez. Ein Solokonzert vom Montreal Jazz Festival erschien 2012 als Me, Myself & I.
Werner komponierte und arrangierte für das Mel Lewis Orchestra ebenso wie für europäische Großformationen wie die WDR Big Band, die Danish Radio Big Band und das Stockholm Jazz Orchestra sowie das niederländische Metropole Orkest. In Erwin Wagenhofers Film But Beautiful – Nichts existiert unabhängig (2019) wird er neben Lucia Pulido und Mario Rom porträtiert.[3]
1996 veröffentlichte Werner das Lehrbuch Effortless Mastery, gefolgt von Becoming the Instrument: Lessons on Self-Mastery from Music to Life (Sweet Lo Press); er gibt Workshops und unterrichtet an der New York University.