Beim Turnier in Chennai erreichte er 2006 das Halbfinale. Im Mai 2006 zog er in München ins Finale ein, wo er gegen Olivier Rochus das erste belgische Herreneinzelfinale in der Geschichte der ATP Tour verlor. Vliegen erreichte in seiner Karriere insgesamt vier Finals, jeweils zwei in der Einzel- und Doppelkonkurrenz. Ein Turniersieg bei der ATP Tour blieb ihm jedoch verwehrt. Aufgrund anhaltender Verletzungsprobleme beendete Vliegen am 14. Juli 2011 seine Karriere.[1]
Davis Cup 2007
In der 1. Runde des Davis Cup 2007 war Kristof Vliegen der Garant für den 3:2-Sieg über Australien. Er bezwang Lleyton Hewitt mit 4:6, 6:4, 3:6, 6:3, 6:4 und holte schließlich gegen Chris Guccione, den er glatt mit 6:4, 6:4, 6:4 bezwang, den entscheidenden Punkt. Im Viertelfinale unterlag er am 6. April beim Spiel gegen Deutschland gegen Tommy Haas.