Schon 1256 wird das Gebiet in einer Urkunde als „wüst“ bezeichnet, 1319 wird der Ort zum ersten Mal schriftlich als Kovachan erwähnt. Die Sankt-Katharinen-Kirche stammt vom Anfang des 14. Jahrhunderts, 1456 wird zum ersten Mal schriftlich auch der 1960 eingemeindete Ort Dlhá Luka (deutsch Lange-Wiese, ungarisch Hosszúret) erwähnt. Seit dem 16. Jahrhundert ist in Kvačany eine Pfarrschule nachgewiesen, die Bevölkerung beschäftigte sich über die Jahrhunderte vor allem mit der Schafzucht, der Land- und Forstwirtschaft.