Marc Wauters begann seine Profikarriere 1991 bei dem belgischen Radsport-Team Lotto. Nach drei Jahren wechselte er dann zu WordPerfect. Hier feierte er dann seine ersten Erfolge, er gewann den Ster van Zwolle und die Ronde van Limburg. Ein Jahr später siegte er auf der fünften Etappe der Ruta del Sol. 1996 verschlug es ihn wieder für zwei Jahre zurück zu Lotto. Er gewann dort in seinem ersten Jahr eine Etappe der Vier Tage von Dünkirchen. Seit 1998 fährt Wauters für die niederländische Mannschaft Rabobank. Sein mit Abstand erfolgreichstes Jahr hatte er 1999. Er gewann die Luxemburg-Rundfahrt, die PruTour durch England, den GP Eddy Merckx, die Rheinland-Pfalz-Rundfahrt und den Klassiker Paris–Tours. In der Saison 2000 konnte er lediglich seinen Gesamtsieg bei der Rheinland-Pfalz-Rundfahrt verteidigen. Bei der Tour de France 2001 feierte er den größten Erfolg seiner langen Karriere. Er gewann die zweite Etappe von Saint-Omer nach Antwerpen, nahe seiner Heimat, und fuhr den folgenden Tag im gelben Trikot.[1] 2002 siegte Wauters zum ersten Mal bei der belgischen Zeitfahrmeisterschaft, diesen Erfolg wiederholte er 2003 und 2005. Bei Paris–Roubaix gelang ihm 2003 ein hervorragender vierter Platz. 2006 beendete Wauters vorzeitig seine letzte Profisaison, weil er sich einen Schlüsselbeinbruch bei einem Sturz im Training zugezogen hatte.[2]
Ab 2009 wurde Wauters Sportlicher Leiter beim Team Silence-Lotto und blieb bis Ende 2011. Seit 2012 ist er beim Team Lotto Belisol und ist auch heute (Stand 2024) bei Lotto Dstny als Sportlicher Leiter aktiv.[3]
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