Am 26. April 1606 wurde Margarita in Nancy mit Heinrich II., Herzog von Lothringen und Bar, verheiratet, dessen erste Ehefrau Katharina von Bourbon 1604 gestorben war. Das Paar hatte zwei Töchter:
Margaritas Morgengabe war die Markgrafschaft Nomeny und das Land von Létricourt. Nach dem Tod ihres Mannes 1624 ging sie an den französischen Hof, wo sie die Interessen ihrer Tochter Nicole vertrat, als Nachfolger Heinrichs II. das Herzogtum Lothringen zu regieren.
Zurück in Lothringen, lebte Margarita mehrere Jahre in Nomeny. Sie starb 1632 in Nancy.