Zur Zeit der Fronde, die in den Jahren 1648 bis 1653 in Paris und ganz Frankreich wütete, erlebte Ludwig XIV. eine Nacht im Palais Royal, die seine lange absolutistische Regentschaft stark prägen sollte. Nachdem Angehörige der Pariser Parlamente, der französischen Gerichtshöfe, im Jahre 1648 gegen königliche Verordnungen Mazarins und Annas von Österreich revoltierten, war die Regentin gezwungen, mit ihren beiden Söhnen, dem minderjährigen König Ludwig XIV. und dessen jüngerem Bruder Philippe, Herzog von Anjou, Paris zu verlassen und in das königliche Schloss nach Saint-Germain-en-Laye zu fliehen, um einer Gefangennahme durch die Frondeure zu entgehen.
Jedoch verlangten die politischen Unruhen bald zunehmend die Präsenz der königlichen Familie in der Hauptstadt Paris und so kehrte Anna von Österreich mit ihren Söhnen im Jahre 1651 nach Paris in das Palais Royal zurück. In der Nacht vom 9. auf den 10. Februar gelang es aufständischen Pariser Bürgern, durch die Kooperation königlicher Angestellter bis in das Schlafgemach des jungen Königs vorzudringen, um dessen Anwesenheit zu überprüfen. Der sich schlafend stellende Ludwig lag schutzlos ausgeliefert in seinem Bett, während die aufständischen Bürger an diesem vorübergingen. Die Mitglieder der königlichen Familie waren faktisch zu Gefangenen in ihrem belagerten Palais geworden.
Obwohl dem jungen König in jener Nacht kein körperlicher Schaden zugefügt wurde, grub sich dieses Erlebnis im Pariser Palais Royal dennoch tief in sein Gedächtnis ein. Niemals wieder wollte er seinen Untertanen so macht- und schutzlos ausgeliefert sein, was aus späteren Aussagen Ludwigs XIV. und einigen innenpolitischen Maßnahmen hervorgeht. Auch die Tatsache, dass er das von ihm beauftragte Schloss in Versailles in den 1680er Jahren zu seinem festen Wohn- und Regierungssitz machte, geht zum Teil auf die früheren Pariser Erfahrungen zurück. Aufgrund seiner Lage außerhalb von Paris galt Schloss Versailles als eine besser zu verteidigende Anlage als die königlichen Schlösser und Palais im Pariser Zentrum.[1]
Im Jahr 1636 wurde in einem Anbau das Palasttheater geöffnet. In den Jahren 1660 bis 1673 spielte dort die Schauspieltruppe von Molière. Nach seinem Tod diente das Gebäude bis zum Jahr 1763 als Ort für diverse Opernaufführungen, dann brannte es – am 6. April 1763 – komplett aus. Am Ende des 18. Jahrhunderts wurde die Anlage wiederaufgebaut. Seit dem Jahr 1786 dient sie der Comédie-Française als Sitz.
Seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts residierten im Palais Royal die Mitglieder des Hauses Orléans, beginnend mit Philippe I., dem Bruder Ludwigs XIV., und seiner (zweiten) Gemahlin Liselotte von der Pfalz. Es folgten ihr Sohn, der Regent Philippe II., und Philippe Égalité.
Am 8. Juni 1781 kam es zu einem weiteren Brand des Palais Royal. Es geriet der Opernsaal in Brand, weshalb die Pariser Oper erneut umziehen musste.
In den Jahren 1781 bis 1784 wurde die Galerie de Bois gebaut, rund um den Palastgarten etwa 60 Häuser mit Arkadengängen, die Wohnungen, Läden, Gastronomiebetriebe und Vergnügungseinrichtungen beherbergten. Hier konzentrierte sich das Nachtleben der Hauptstadt. Die Promenade auf der „Allée des Soupirs“ (Seufzerallee) war in ganz Europa berühmt, weil sich dort die schönsten Mädchen und Frauen aus allen Ständen prostituierten, auch Personen aus dem Hochadel wurden dort angetroffen.[2] Da die Anlage dem Herzog von Orléans, einem entfernten Vetter des Königs, gehörte, hatte die Polizei keinen Zutritt. Dies ermöglichte eine gewisse Versammlungsfreiheit und so wurde das Palais zu einer Zentrale der Patriotischen Bewegung. Am 13. Juli1789 (nach einigen Quellen am 11. Juli oder 12. Juli) rief dort Camille Desmoulins zum bewaffneten Aufstand auf.
Die einst berüchtigten Spielhallen wurden im Jahre 1838 geschlossen.