1996 berief ihn Verteidigungsminister Eduardo Serra Rexach als Staatssekretär ins spanische Verteidigungsministerium, wo er bis 2000 tätig war und unter anderem die spanischen Truppen in Bosnien besuchte. Anschließend wurde er Staatssekretär im Innenministerium und arbeitete bis August 2002 als Sicherheitssekretär der spanischen Regierung unter dem damaligen Innenminister Mariano Rajoy. Danach ging er bis zum Ende der Legislaturperiode als Staatssekretär ins Ministerium für Wissenschaft und Technologie.
Nach dem Wahlsieg von José Luis Rodríguez Zapatero bei den Wahlen 2004 kehrte Morenés in die Privatwirtschaft zurück, wurde Generalsekretär der Unternehmervereinigung Círculo de Empresarios und widmete sich Managertätigkeiten in der Schifffahrtsbranche und Rüstungsindustrie. 2011 rief ihn der neue Ministerpräsident Mariano Rajoy in sein erstes Kabinett.
Am 21. Dezember 2011 erhielt er die Ernennung zum Verteidigungsminister als Nachfolger von Carme Chacón. Die Personalie stieß auf Kritik, weil Morenés noch kurz zuvor für ein Unternehmen tätig war, das Streubomben an den libyschen Diktator Muammar al-Gaddafi verkauft hatte, der diese gegen die Zivilbevölkerung einsetzte. Als die spanische Regierung 2008 das Übereinkommen über Streumunition unterzeichnete, hatte er 40 Millionen Euro als Entschädigungszahlung für die Rüstungsindustrie gefordert. Zudem war er Vorstandsvorsitzender des Rüstungskonzerns MBDA, der Raketen produziert.[2] Als Chef des Verteidigungsressorts wurde er am 4. November 2016 von seiner Parteikollegin María Dolores de Cospedal abgelöst.
