Während des Zweiten Weltkriegs war Zaehner als Sprachenexperte nachrichtendienstlich für die britische Special Operations Executive im Iran, dort bei der Britischen Botschaft, tätig gewesen. Sein Aufenthalt im Iran dauerte von 1943 bis 1947. In dieser Zeit konvertierte Robert Charles Zaehner zum Katholizismus, was sich für sein Leben, besonders für seine beruflich wissenschaftliche Arbeiten, nicht nur als Dozent prägend auswirken sollte. Nach seiner Rückkehr aus dem Iran, wurde Zaehner in Großbritannien von 1947 bis 1949 Mitarbeiter des Secret Intelligence Service. Sein Aufgabengebiet lag besonders in der militärischen Ausbildung von antikommunistischenAlbanern auf Malta.
Zaehner wurde ab dem Jahr 1950 an der University of Oxford Dozent für Persisch. Von 1951 bis 1952 war er für Großbritannien diplomatisch erneut in der iranischen Hauptstadt Teheran tätig. Nach seiner Rückkehr, im Jahre 1952, unterrichtete Zaehner als Professor bis zu seinem Tod in Oxford im Fachgebiet Östliche Religionen und Ethik. Obwohl Experte für das Persische, setzte sich Zaehner wissenschaftlich mit den verschiedenen religiösen Textraditionen Indiens in Bezug auf den Hinduismus kritisch auseinander und verglich in diesen die Ethik mit der Ethik des Katholizismus. Wissenschaftlich beschäftigte sich Zaehner zudem mit der Problematik von Unvernunft und Rationalität, besonders mit der Frage über das Gute und das Böse. Robert Charles Zaehner veröffentlichte über seine wissenschaftlichen Tätigkeiten einige Bücher.
