Spanair wurde im Dezember 1986 gegründet und führte ab März 1988 ihre ersten Flüge zunächst als reine Charterfluggesellschaft durch. Ab 1994 wurden auch reguläre Linienflüge angeboten.
Zwischen November 1997 und März 2002 bot Spanair auch interkontinentale Linienflüge nach Lateinamerika und in die USA an, die mit Boeing 767-300ER durchgeführt wurden und unter anderem nach Rio de Janeiro und Havanna führten.[3] Seit 2002 wurden Langstrecken jedoch nicht mehr von Spanair selbst, sondern ausschließlich im Codesharing von anderen Fluggesellschaften ausgeführt.
Seit April 2003 war Spanair Mitglied der internationalen LuftfahrtallianzStar Alliance, zu der beispielsweise auch Lufthansa und Thai Airways gehört. Im Mai 2003 erhielt Spanair erstmals das Sicherheitszertifikat IOSA der IATA, das seither dreimal erneuert wurde.[4]
Im Juni und September 2007 erweiterte Spanair die Flotte um insgesamt vier Boeing 717-200[5], die zum Frühjahr 2011 wiederum an Blue1 abgegeben wurden.[6] Im November desselben Jahres wurde eine Lounge am Flughafen Madrid-Barajas eröffnet.
Am 16. Juli 2008 kündigte die Linie ein radikales Sparprogramm an. Wegen der wachsenden Konkurrenz, vor allem aber wegen der steigenden Treibstoffpreise, hat Spanair 1100 von 3800 Stellen abgebaut und neun Strecken aus dem Flugplan gestrichen.[7]
Am 31. Januar 2009 wurde bekannt, dass die SAS Group 80,1 % der Anteile an ein Konsortium verkauft hat. Die SAS Group hielt weiterhin eine Minderheitsbeteiligung von 19,9 %. Als Kaufpreis wurde ein symbolischer Preis von einem Euro vereinbart. Die SAS übernahm darüber hinaus die Schulden von fast 500 Mio. €. Dem Käufer-Konsortium gehören neben der Regionalregierung Kataloniens und der Stadt Barcelona auch mehrere private Investoren an. Im Mai 2009 bezog Spanair zusammen mit weiteren Gesellschaften das neue Terminal 1 auf dem Flughafen Barcelona und eröffnete dort ihre dritte Lounge.[5]
Im Dezember 2011 kündigte Qatar Airways an, für 116 Millionen Euro einen Anteil von 49 % an Spanair übernehmen zu wollen.[8] Im selben Jahr wurde das bisherige VielfliegerprogrammSpanair Plus durch SpanairStar ersetzt.
Am 27. Januar 2012 stellte Spanair den Flugbetrieb kurzfristig ein, nachdem zuvor Verhandlungen über finanzielle Investitionen mit Qatar Airways und der katalanischen Regierung gescheitert waren.[9][10] Drei Tage später beantragte Spanair schließlich Insolvenz.[2]