Seine politische Karriere begann er als Gemeinderat in der Gemeinde Wieselburg-Land sowie bei der ÖVP Niederösterreich, wo er von 2000 bis 2001 als politischer Referent tätig war.
Danach folgte sein Schritt in die Bundespolitik als Ministersekretär unter Josef Pröll. Von September 2005 bis zum 2. Dezember 2008 (ebenfalls unter Josef Pröll) war er Kabinettchef im Landwirtschaftsministerium der Bundesregierung Gusenbauer, wo er auch aktiv in der ÖVP-Perspektivengruppe unter der Leitung von Josef Pröll mitarbeitete.
In der Regierung Faymann I war er vom 2. Dezember 2008 bis Februar 2009 unter Vizekanzler Josef Pröll Kabinettchef im Finanzministerium, von wo er im Februar 2009 wieder nach Niederösterreich wechselte.
Seit 19. April 2017 ist Pernkopf der Stellvertreter der niederösterreichischen Landeshauptfrau Johanna Mikl-Leitner. Als Landesrat ist er derzeit für die Bereiche Umwelt, Landwirtschaft, Energie, Landeskliniken und Feuerwehren zuständig.
Als Musiker spielt er Saxophon bei der Steven’s Bigband und war Gründungsmitglied und Schlagzeuger bei der Bläserformation die.tschechen. Seit 2009 ist er Mitglied der Freiwilligen Feuerwehr Wieselburg Stadt/Land.
Er ist Mitglied der katholischen Studentenverbindungen der K.Ö.Agr.St.V. Bergland Wieselburg im MKV und Ö.k.a.V. Rhaeto-Danubia Wien im ÖCV.