Das Amt entstand im 13./14. Jahrhundert als Verwaltungsbezirk des Burglehens Tondern im Herzogtum Schleswig. Bis dahin hatte der Nordosten des Amtes mit der Hoyer-, Schlux- und Karrharde zur früheren Verwaltungseinheit des Ellumsyssel gehört, während der Südwesten mit der Böking- und Wiedingharde und den Landschaften Sylt und Osterland Föhr Teil der nordfriesischenUthlande gewesen waren. Nur Tønder war bereits im Mittelalter Stadt und unbestrittenes Zentrum des Amtes, obwohl es selbst formell nicht zu diesem gehörte. Das Schloss als Sitz der Amtsverwaltung befand sich dann auch vor der Stadt.
1867 kamen die Herzogtümer Schleswig und Holstein als Provinz Schleswig-Holstein zu Preußen. Das Gebiet des Amtes kam verwaltungsmäßig zum Kreis Tondern, ebenso wie die Insel Rømø, deren Südteil bis dahin zum Birk Ballum und deren Nordteil zum Haderslev Amt gehört hatte. Auch das Løgumkloster Amt, das bereits seit 1850 denselben Amtmann wie das Tønder Amt hatte, wurde dem Kreis Tondern angegliedert. Die Gerichtsfunktion übernahm das Amtsgericht Tondern.
1920 wurden die nördlichen Gebiete des Kreises einschließlich der Kreisstadt in Folge der im Versailler Vertrag vorgesehenen Volksabstimmung in Schleswig an Dänemark abgetreten. Da in der nördlichen 1. Zone, welche das ganze heutige Nordschleswig umfasste, als Gesamtheit abgestimmt wurde, stand die künftige Staatsgrenze praktisch schon vor der Abstimmung am 10. Februar 1920 fest. So kamen grenznahe Gemeinden mit deutlichen deutschen Mehrheiten wie die Stadt Tønder, der Flecken Højer oder auch Ubjerg und Tinglev ebenso an Dänemark wie zahlreiche Gemeinden mit fast ausgeglichenen Ergebnissen. Südlich dieser Grenze wurde am 14. März 1920 gemeindeweise abgestimmt. Dänische Mehrheiten gab es nur in den Föhrer Landgemeinden Utersum, Hedehusum und Witsum, die jedoch ebenso wie das Umland bei Deutschland verblieben.
Die bei Deutschland verbleibenden Gebiete bildeten weiterhin einen Kreis, der sich in Kreis Süd Tondern (später Südtondern) umbenannte. Kreisstadt wurde die Landgemeinde Niebüll, die erst 1960 den Titel „Stadt“ erhielt. Durch die Gebietsreform von 1970 wurde der Kreis Südtondern ohne das Amt Medelby (kam zum Kreis Flensburg-Land) mit den Kreisen Eiderstedt und Husum zum Kreis Nordfriesland vereinigt.
Der Nordteil des Kreises Tondern blieb als Tønder Amt bestehen und erhielt vom Kreis Hadersleben die Kirchspiele der Hviding Herred (dt. Hvidingharde). 1970 ging das Amt im Sønderjyllands Amt auf. Die 2007 gebildete Tønder Kommune umfasst ein ähnlich großes Gebiet, wenn auch mit einigen markanten Grenzänderungen.
Kommunalreform 1970
Mit der Kommunalreform 1970 wurde Tonder Amt zwischen dem neuen Ribe Amt und dem neuen Sønderjyllands Amt aufgeteilt.