1934 wurde er auf ein Ordinariat an der Universität Kiel berufen. Bereits 1935 kritisierte er die nationalsozialistisch ausgerichteten Schleswig-Holsteinischen Hochschulblätter wegen „antichristlicher Polemik“ und verteidigte Kollegen. Da bereits fast die Hälfte des Lehrkörpers entlassen war, wurde überlegt, die theologische Fakultät zu schließen. Auch Elliger spielte mit dem Gedanken, einen Ruf an die Universität Bonn anzunehmen. Auf Wunsch des Landesbischofs und Rektors blieb Elliger in Kiel, um als Dekan am Neuaufbau der Fakultät mitzuwirken. Nachdem er keine Unterstützung mehr gefunden hatte, legte er 1936 sein Amt als Dekan nieder. Im selben Jahr wurde er angewiesen, einen Lehrstuhl an der Universität Greifswald anzunehmen.[2]
Von 1939 bis 1945 zur Wehrmacht eingezogen, konnte er 1947 (nach einem Intermezzo in der Philosophischen Fakultät) auf seinen Lehrstuhl in Greifswald zurückkehren. 1950 erhielt er einen Ruf an die Humboldt-Universität Berlin, wo er sich als Dekan der vom SED-Regime betriebenen politischen Vereinnahmung der Fakultät widersetzte und erneut in heftige Konflikte geriet. 1964 nahm er einen Ruf an die Universität Bochum an,[2] wo er Gründungsdekan der Evangelisch-Theologischen Fakultät wurde.
1976 wurde er emeritiert und vollendete sein Hauptwerk, die umfangreiche Biographie Thomas Müntzers.
Sein Bruder war der Alttestamentler Karl Elliger (1901–1977).
Schriften
Grabstein für Walter Elliger auf dem Waldfriedhof Kleinmachnow
Die Stellung der alten Christen zu den Bildern in den ersten vier Jahrhunderten nach den Angaben zeitgenössischer kirchlicher Schriftsteller, Leipzig 1934 (Theol. Diss. Halle 1930).
(Hrsg.): Forschungen zur Kirchengeschichte und zur christlichen Kunst [Festgabe Johannes Ficker]. Leipzig 1931
Zur Entstehung und frühen Entwicklung der altchristlichen Bildkunst. Leipzig 1934.
Gottes- und Schicksalsglauben im frühdeutschen Christentum. Hamburg 1935.
Luthers politisches Denken und Handeln. Berlin 1952.
150 Jahre Theologische Fakultät Berlin. Eine Darstellung ihrer Geschichte von 1810 bis 1960 als Beitrag zu ihrem Jubiläum. Berlin 1960
Thomas Müntzer (Erkenntnis und Glaube Bd. 16). Berlin 1960.
(Hrsg.): Philipp Melanchthon. Forschungsbeiträge zur 400. Wiederkehr seines Todestages. Berlin 1961.
Norbert Friedrich: Walter Elliger als Kirchenhistoriker in drei politischen Systemen. In: Jochen-Christoph Kaiser (Hrsg.): Vom Ertrag der neueren Kirchengeschichte für Kirche und Gesellschaft. Marburg 2008, S. 105–120
