Macnaghtens Einfluss auf Lord Auckland führte zu dessen Forderung an Dost Mohammed, seine Ansprüche auf Peschawar sowie seine Annäherung an Russland aufzugeben. Da diese Forderungen als unannehmbar galten kam es zum Ersten Anglo-Afghanischen Krieg. Nach der ersten erfolgreichen Phase des Krieges wurde Macnaghten am 18. Januar 1840 zum Baronet erhoben und politischer Agent in Kabul. Dort kam er mit Militärs und seinem Untergebenen Alexander Burnes in Konflikt. Seine Politik, die afghanischen Stammesführer mit hohen Subsidien zu befrieden, belastete die indischen Finanzen und diese mussten schließlich gekürzt werden. Es kam zum Aufstand und Burnes wurde am 2. November 1841 ermordet, während die britische Armee in Kabul unter General William Elphinstone schlecht geführt war. Bitten Macnaghtens, etwas gegen die Unruhen zu unternehmen, wurden von Elphinstone nicht beachtet. Macnaghten versuchte durch Verhandlungen mit den Stammesführern und Akbar Khan, Dost Mohammeds Sohn, die Lage zu retten, wurde aber am 23. Dezember 1841 in Kabul von diesem erschossen.
Literatur
Macnaghten, Sir William Hay. In: Encyclopædia Britannica. 11. Auflage. Band17: Lord Chamberlain – Mecklenburg. London 1911, S.264 (englisch, Volltext [Wikisource]).