El congreso guatemalteco ratificó el 10 de marzo de 2005 el tratado mediante el Decreto 31-2005,[1] con ciento veinte y seis votos a favor y doce en contra, dándole calidad de emergencia nacional al considerarle un tema de prioridad en el tratamiento legislativo.[2] Fue el tercer país en ratificar, antecedido por El Salvador y Honduras. El 9 de marzo, el tratado fue presentando a la Asamblea Legislativa por el presidente de la comisión de Economía y Comercio Exterior, Mariano Rayo; sin haberse realizado ninguna discusión o estudio de la propuesta, el tratado fue ratificado y notificado al presidente de la república, para su respectiva publicación.[2] La aprobación fue posible mediante el cambio de postura de la bancada del partido Unión Nacional de la Esperanza, quien dio sus votos a favor.
Los diputados que votaron en contra de la ratificación, argumentaron que el tratado:
fue negociado a espaldas de la población... solo defiende los intereses de un pequeño grupo de empresarios... y el gobierno se ha resistido a informar del verdadero contenido, objetivo y efectos
Víctor Sales, diputado por el partido Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca[2]
Días antes a la introducción de la propuesta, diversas organizaciones e instituciones presentaron sus muestras de rechazo al tratado. Es así que el 1 de marzo, acompañado de una protesta callejera integrada por varios sindicatos, el Consejo Superior Universitario de la Universidad de San Carlos, emitió un comunicado televisivo expresando su rechazo a la ratificación del tratado sin previa consulta popular. Dos días después, el rector de la universidad ya mencionada solicitó formalmente a la Asamblea que se efectuase una consulta que incluyese a toda la ciudadanía[1] El día 6 de marzo, la Conferencia Episcopal de Guatemala se pronuncia en contra del tratado,
El día en que se presentó la propuesta al congreso y el día de la aprobación de la misma, se suscitaron violentas protestas en los alrededores del congreso y de la embajada de Estados Unidos,[1] exigiendo que la ratificación del tratado fuese sometida a un referéndum, el cual dictaminaría la voluntad popular.[3] El saldo de las protestas fue de un policía lesionado y un individuo capturado por el delito de desórdenes públicos.[2]