La Confederation Cup del 2006 fue la 3º edición del segundo torneo de clubes más importante de África organizado por la CAF.
El Étoile du Sahel de Túnez venció al entonces defensor del título, el FAR Rabat de Marruecos en la final. La final fue marcada por una confrontación del FAR Rabat contra el árbitro y sus asistentes luego de anular un gol.
Ronda Preliminar
1 el ASC Entente y Bakau United abandonaron el torneo.
2 Zimbabue no pudo mandar un equipo por la suspensión del torneo de copa, por lo que iba a mandar al subcampeón de liga, el Masvingo United, pero este estaba suspendido por la CAF.
3 la serie entre Ferroviario da Beira y Élan Club se jugó a un partido por mutuo acuerdo.
Primera Ronda
1 el TP Mazembe fue descalificado por presentarse tarde al primer partido a raíz de los problemas con el transporte.
Segunda Ronda
Tercera Ronda
1 el ASC Port Autonome no se presentó al segundo partido.
Fase de grupos
Grupo A
Grupo B
Final
Ida
Vuelta
Étoile du Sahel won on away goal after 1–1 on aggregate.
Campeón
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