La Copa MX A13 se llevó a cabo en los meses de julio a octubre del 2013 y los partidos se programaron los días martes, miércoles o jueves, dependiendo del calendario de competencia de ambas Divisiones.
Participaron en la Copa MX A13 un total de 28 clubes: 14 clubes de la Liga Bancomer MX y 14 Clubes de Ascenso MX.
Se integró por 6 jornadas en las que los clubes jugaron sólo con rivales de su grupo en series denominadas llaves.
Los 28 clubes participantes se dividieron en 7 grupos de 4 clubes cada uno.
Los equipos de cada grupo jugaron 3 llaves que se calificaron de la siguiente forma:
Por juego ganado se obtuvieron tres puntos
Por juego empatado se obtuvo un punto
Por juego perdido cero puntos
Por llave ganada un punto adicional
En caso de que haya existido empate en el número de puntos obtenidos por juego, se tomó como criterio de desempate el mayor número de goles anotados como visitante. En caso de que haya existido empate en el número puntos obtenidos y en goles anotados, o no se hayan anotado goles en los partidos, no hubo punto adicional en la llave.
Si al finalizar las 6 Jornadas, dos o más Clubes estuviesen empatados en puntos, su posición en la Tabla General de Clasificación será determinada atendiendo a los siguientes criterios de desempate:
Mejor diferencia entre los goles anotados y recibidos
Mayor número de goles anotados
Marcadores particulares entre los Clubes empatados
Mayor número de goles anotados como visitante
Mejor ubicado en la Tabla General de Cociente
Tabla Fair Play
Sorteo
Para determinar los lugares que ocuparon los clubes que participen en la fase final de la Copa MX A13, se tomó como base la Tabla General de Clasificación al término del torneo.
Fase final
Participaron por el título de Campeón de la Copa MX A13 el primer lugar de cada uno de los 7 grupos y, para completar a los 8 finalistas, el mejor segundo lugar de entre todos los grupos.
En esta fase los equipos se enfrentaron a un solo partido resultando vencedor el que anote mayor número de goles en el tiempo reglamentario de juego. En caso de empate en goles o que no se haya anotado ninguno, para decidir el encuentro se procedería a tirar series de penales.
Los estadios donde se llevarán a cabo los partidos de esta fase se definirán por la posición en la tabla general, siendo local el equipo que esté mejor posicionado sin importar la división a la que pertenezca.
La fase final se jugó de la siguiente forma:
Cuartos de Final
1 vs 8 → SF1
2 vs 7 → SF2
3 vs 6 → SF3
4 vs 5 → SF4
Semifinales
SF1 vs SF4 → F1
SF2 vs SF3 → F2
Final
F1 vs F2
Equipos por entidad federativa
Para este torneo hubo participación de 20 de las 32 entidades federativas que conforman la República Mexicana. La entidad federativa con más equipos profesionales en este torneo fue el estado de Jalisco con cuatro equipos.
Jugarán en siete grupos de cuatro equipos, en cada grupo habrá dos equipos de la Liga Bancomer MX y dos del Ascenso MX. Clasificarán a cuartos de final el primer lugar de cada grupo y el mejor segundo lugar.
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