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Extracción de ARN

Para varios métodos, véase Métodos de ácidos nucleicos.

La extracción de ARN es la purificación del ARN a partir de muestras biológicas. Este procedimiento se complica por la presencia ubicua de enzimas ribonucleasas en las células y los tejidos, que pueden degradar rápidamente el ARN.[1]​ En biología molecular se utilizan varios métodos para aislar el ARN de las muestras, el más común de ellos es la extracción con tiocianato de guanidinio y cloroformo.[2]​[3]​ El método de lisis y elución basado en papel de filtro tiene una gran capacidad de rendimiento.[4]​

La extracción de ARN en nitrógeno líquido, normalmente utilizando un mortero y una maja (o dispositivos de acero especializados conocidos como pulverizadores de tejidos), también es útil para evitar la actividad de las ribonucleasas.

Contaminación de ARNasas

La extracción de ARN en los experimentos de biología molecular es muy complicada por la presencia de ARNasas ubicuas y resistentes que degradan las muestras de ARN. Algunas ARNasas pueden ser extremadamente resistentes y su inactivación es difícil en comparación con la neutralización de las ADNasas. Además de las ARNasas celulares que se liberan, hay varias ARNasas que están presentes en el medio ambiente. Las ARNasas han evolucionado para tener muchas funciones extracelulares en varios organismos.[5]​[6]​[7]​ Por ejemplo, la ARNasa 7, un miembro de la superfamilia de las ARNasas A, es secretada por la piel humana y sirve como una potente defensa antipatógena.[8]​[9]​ En el caso de estas ARNasas secretadas, la actividad enzimática puede incluso no ser necesaria para la función exaptada de la ARNasa. Por ejemplo, las ARNasas inmunes actúan desestabilizando las membranas celulares de las bacterias.[10]​[11]​

Para contrarrestar esto, el equipo utilizado para la extracción de ARN suele limpiarse a fondo, se mantiene separado del equipo común de laboratorio y se trata con diversos productos químicos agresivos que destruyen las ARNasas. Por la misma razón, los experimentadores tienen especial cuidado de no dejar que su piel desnuda toque el equipo.

Véase también

Referencias

  1. ↑ Peirson SN, Butler JN (2007). «RNA extraction from mammalian tissues». Circadian Rhythms. Methods in Molecular Biology 362. pp. 315–27. ISBN 978-1-58829-417-3. doi:10.1007/978-1-59745-257-1_22. 
  2. ↑ Chomczynski P, Sacchi N (2006). «The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on». Nat Protoc 1 (2): 581-5. PMID 17406285. doi:10.1038/nprot.2006.83. 
  3. ↑ Bird IM (2005). «Extraction of RNA from cells and tissue». Methods Mol. Med. 108: 139-48. ISBN 1-59259-850-1. PMID 16028681. doi:10.1385/1-59259-850-1:139. 
  4. ↑ «FortiusBio High Throughput RNA Extraction Filter Paper Card». Archivado desde el original el 6 de mayo de 2016. Consultado el 30 de enero de 2022. 
  5. ↑ Rossier, O.; Dao, J.; Cianciotto, N. P. (2009). «A type II secreted RNase of Legionella pneumophila facilitates optimal intracellular infection of Hartmannella vermiformis». Microbiology 155 (3): 882-890. PMC 2662391. PMID 19246759. doi:10.1099/mic.0.023218-0. 
  6. ↑ Luhtala, N.; Parker, R. (2010). «T2 Family ribonucleases: Ancient enzymes with diverse roles». Trends in Biochemical Sciences 35 (5): 253-259. PMC 2888479. PMID 20189811. doi:10.1016/j.tibs.2010.02.002. 
  7. ↑ Dyer, K. D.; Rosenberg, H. F. (2006). «The RNase a superfamily: Generation of diversity and innate host defense». Molecular Diversity 10 (4): 585-597. PMID 16969722. doi:10.1007/s11030-006-9028-2. 
  8. ↑ Harder, J. (2002). «RNase 7, a Novel Innate Immune Defense Antimicrobial Protein of Healthy Human Skin». Journal of Biological Chemistry 277 (48): 46779-46784. PMID 12244054. doi:10.1074/jbc.M207587200. 
  9. ↑ Köten, B.; Simanski, M.; Gläser, R.; Podschun, R.; Schröder, J. M.; Harder, J. R. (2009). «RNase 7 Contributes to the Cutaneous Defense against Enterococcus faecium». PLOS ONE 4 (7): e6424. Bibcode:2009PLoSO...4.6424K. PMC 2712763. PMID 19641608. doi:10.1371/journal.pone.0006424. 
  10. ↑ Huang, Y. -C.; Lin, Y. -M.; Chang, T. -W.; Wu, S. -J.; Lee, Y. -S.; Chang, M. D. -T.; Chen, C.; Wu, S. -H. et al. (2006). «The Flexible and Clustered Lysine Residues of Human Ribonuclease 7 Are Critical for Membrane Permeability and Antimicrobial Activity». Journal of Biological Chemistry 282 (7): 4626-4633. PMID 17150966. doi:10.1074/jbc.M607321200. 
  11. ↑ Rosenberg, H. F. (2008). «RNase a ribonucleases and host defense: An evolving story». Journal of Leukocyte Biology 83 (5): 1079-87. PMC 2692241. PMID 18211964. doi:10.1189/jlb.1107725. 

Enlaces externos

Lavado en dos fases para resolver el omnipresente problema de arrastre de contaminantes en los kits comerciales de extracción de ácidos nucleicos; por Erik Jue, Daan Witters & Rustem F. Ismagilov; Naturaleza, informes Científicos, 2020.

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