Ganó el Circuito de las 2 provincias dos veces en 1992 y 1993. En 1994 terminó segundo en la París-Roubaix amateur, derrotado por el belga Kurt Dhont. Al año siguiente, dejó el circuito de aficionados y se unió al equipo Le Groupement. Corrió su primera París-Roubaix profesional, pero terminó muy alejado (86.º). En 1996 terminó con un decimocuarto lugar en la París-Roubaix y ocupó el tercer lugar en el Campeonato de Francia de ciclismo en ruta a 10 segundos del vencedor Stéphane Heulot.
París-Roubaix 1997
Se unió al equipo Française des Jeux, de reciente creación en 1997. En febrero ganó la Clásica Haribo, superando a Jaan Kirsipuu. Disputó la París-Roubaix, pero no estaba entre los favoritos. Sin embargo encontró un grupo que cazó a los dos líderes Frédéric Moncassin y Andrei Tchmil a pocos kilómetros de la meta. Se disputarían entre ocho para la victoria, y el francés lanzó el sprint ganando así la prueba. Esta victoria le permite añadir su nombre como ganador de la París-Roubaix entre Johan Museeuw y Franco Ballerini.
Corrió su último Tour de Francia en 2004. Luego ganó en la París-Tours de 2006, cuando a 45 kilómetros de la meta, el ataque de Guesdon junto con Cristian Moreni, a los que pronto se les unirían Kevin Van Impe, Enrico Gasparotto y Kurt-Asle Arvesen. A 10 kilómetros para la meta, el pelotón se encontraba a 10 segundos de los escapados. Guesdon y Kurt-Asle Arvesen se beneficiaron de la duda para atacar de nuevo a 8 kilómetros para la meta. Los dos hombres llegaron a la Avenida de Grammont (2.4 kilómetros de línea recta), con antelación suficiente para competir por la victoria. Guesdon lanzó el sprint a 200 metros de meta y no dejó ninguna oportunidad a Arvesen. Stuart O'Grady ganó el sprint del pelotón que llegó a 8 segundos del vencedor.
Esta victoria le permite ser uno de los pocos ciclistas franceses que han ganado los dos clásicos más grandes de Francia.
Fin de carrera
En 2007 empezó con buen pie ganando la Tropicale Amissa Bongo a principios de año. En la Paris-Roubaix de ese año consiguió clasificarse 25.º.
En febrero de 2009 se rompió la clavícula en la Vuelta al Algarve reapareciendo un mes más tarde. En el Tour de Flandes se escapó junto a Sylvain Chavanel aunque fueron alcanzados por el grupo y acabó terminando la carrera en la 29.ª posición. A la semana siguiente acabó decimotercero de la Paris-Roubaix. Finalizó la temporada terminando sexto en el Tour de la Somme y noveno en el Gran Premio de Plouay.
A finales de la temporada 2011 decidió prolongar su carrera al menos hasta la París-Roubaix 2012, lo que le permitiría ostentar el récord de 17 participaciones.
El 17 de enero de 2012, mientras se preparaba para los meses finales de su carrera, se hirió gravemente durante la primera etapa del Tour Down Under al ser víctima de una caída colectiva en los metros finales, sufriendo una fractura en la cadera izquierda. Después de una rápida recuperación, regresó a la competición a finales de marzo. Así pudo participar en su decimoséptima edición de la París-Roubaix y convertirse en el plusmarquista de participaciones en esta carrera junto al americanoGeorge Hincapie.[1] Terminó la carrera fuera de tiempo y puso fin a su carrera deportiva.
-: no participa Ab.: abandono F. c.: fuera de control
Paris-Roubaix
Frédéric es especialista en las clásicas. En diecisiete ocasiones ha participado en la París-Roubaix, donde terminó entre los veinte primeros once veces y siete veces como el mejor francés.