Con una constante de disociación ácida pKa de 12.5, la guanidina está protonada en condiciones fisiológicas, con una carga de +1. Este ácido conjugado de la guanidina se llama catión guanidinio, [CH6N3]+.
Entre las sales importantes se incluye el hidrocloruro de guanidina, con propiedades caotrópicas, usado para desnaturalizar proteínas. Empíricamente se sabe que el hidrocloruro de guanidina desnaturaliza las proteínas en relación lineal entre su concentración y la energía libre de desplegado.
La guanidina se puede suministrar pura como un combustible sólido (punto de fusión ~ 50 °C) o en una mezcla con urea con un punto de fusión eutéctico menor.