Fue fundado inicialmente como Instituto Kaiser Guillermo de Física en 1917 en Berlín. Albert Einstein, Fritz Haber, Walther Nernst, Max Planck y Peter Debye fueron algunos de sus directores. La Segunda Guerra Mundial obligó a refundar el instituto, primero en Gotinga y luego, como Instituto Max Planck de Física y Astrofísica, en Múnich en 1958. En 1991 el instituto descindió en el instituto actual de Física, que permaneció en su situación original en la ciudad de Múnich, y el Instituto Max Planck de Astrofísica y el Instituto Max Planck de Física Extraterrestre, ambos en Garching, cerca de Múnich.
