Strossmayer nació en Osijek en el seno de una familia croata de apellido alemán, porque su bisabuelo era un inmigrante alemán étnico de Estiria, que se había casado con una mujer croata. Concluyó el gymnasium en Osijek, se graduó en teología en el seminario católico de Đakovo, y obtuvo un doctorado en filosofía en Budapest, a la edad de 20 años.[2]
El 18 de noviembre de 1849, fue nombrado por el emperador Francisco José de Austria, a propuesta del Ban de Croacia Josip Jelačić, obispo de Bosnia y Sirmia. Al asumir su cargo como obispo, declaró que su lema era: "Todo por la fe y por la patria."
Durante su estancia en Pest, simpatizó con Ján Kollár, y colaboró con los políticos checos František Palacký y František Rieger en el ideal común de la asociación política y cultural de los pueblos eslavos. Fue, como el Ban Jelačić, partidario de la monarquía de los Habsburgo, pero también de la obtención de más derechos y autonomía para los eslavos en el Imperio austrohúngaro. Strossmayer abogó por la federalización, y por la fusión de los reinos de Dalmacia y Croacia-Eslavonia, así como la introducción del idioma croata en las escuelas y el gobierno.
En 1860, se convirtió en el líder del Partido Popular de Croacia, que dirigió hasta 1873. También fue elegido por el Parlamento de Croacia en 1866 como presidente de la comisión que negoció con Hungría los términos de la situación de Croacia. Sin embargo, el acuerdo no fue tan favorable a la causa croata como Strossmayer pretendía, por lo que manifestó su desagrado, argumentando que disminuía la autonomía del país en materia presupuestaria y financiera.
Sus fracasos en las negociaciones de las relaciones húngaro-croatas le llevaron a la retirada de la política activa. Además, el emperador le acusó de favorecer a Rusia al promover los intereses de Croacia. Se desempeñó como nuncio apostólico en Serbia, y contribuyó también a establecer un concordato entre la Santa Sede y Montenegro en 1866.