Durante la Segunda Guerra Mundial sirvió en la Marina Real Británica. Se presentó sin éxito por el Partido Conservador en las elecciones generales británicas de 1945. En 1948, fundó el "Severn Wildfowl Trust" (ahora el Wildfowl and Wetlands Trust) con sede en Gloucestershire. En los años siguientes dirigió varias expediciones ornitológicas por todo el mundo, y llegó a ser un personaje popular a través de la televisión, popularizando el estudio de las aves acuáticas y los humedales. Escribió e ilustró varios libros sobre el tema, incluyendo su autobiografía, The Eye of the Wind (1961).
Comenzó a practicar el vuelo sin motor en 1956 y fue campeón británico en 1963. Fue presidente de la "Asociación británica de Vuelo sin Motor" (British Gliding Association) de 1968 a 1970.
Scott también fue un consumado navegante, ganando una medalla de bronce en los Juegos Olímpicos en vela. También capitaneó el barco de 12 m "Sovereign" en la Copa América de 1964, que ganó el barco de los EE. UU.
También es recordado por haber dado nombre científico al Monstruo del lago NessNessiteras rhombopteryx de forma que pueda ser registrado en la lista de especies en peligro. El nombre, basado en raíces griegas, significa "la maravilla de Ness con aleta en forma de diamante" pero es también un anagrama para "Monster hoax by Sir Peter S" ("Engaño de monstruo por Sir Peter S").
Scott fue Vicepresidente durante largo tiempo de la British Naturalists' Association, que instituyó el premio Peter Scott Memorial Award después de su muerte para conmemorar sus logros.
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