El Waitakere United debutó en la temporada 2004-05 con un subcampeonato: después de haber finalizado la fase regular en segundo lugar, perdió la final contra el Auckland City F. C. Tras un decepcionante sexto lugar al año siguiente, en la edición 2006-07 el equipo rojiblanco quedó primero en la fase regular y volvió a perder la final ante el Auckland City, que para entonces ya se había convertido en su mayor rival.
A nivel nacional, vivió su mejor época en la década de 2010 con cuatro ligas consecutivas desde 2009 hasta 2013. No obstante, el equipo no pudo proclamarse campeón oceánico y perdió dos finales: en 2009-10 contra el Hekari United papuano, y en 2013 ante sus rivales del Auckland City. Desde entonces, los resultados del Waitakere empeoraron y el equipo tuvo que conformarse con actuaciones discretas en la liga nacional.[5]
Al término de la temporada 2020-21, la federación reestructuró el sistema de ligas de Nueva Zelanda con una nueva competencia, la New Zealand National League, que daba mayor importancia a las ligas regionales y suavizaba las condiciones para inscribirse. De este modo, el Waitakere United desapareció como club de fútbol y algunos de sus antiguos fundadores decidieron competir por separado.[1]
Estadio
El Waitakere United ha utilizado distintos campos a lo largo de su historia. Desde 2014 jugó sus partidos como local en el estadio Douglas Track & Field, ubicado dentro del recinto deportivo Trusts Arena; el terreno de juego está rodeado por una pista de atletismo y cuenta con una grada que puede albergar hasta 4900 espectadores. Anteriormente jugó en Fred Taylor Park, un parque deportivo con varios campos y aforo de 1000 espectadores.
El técnico que más veces ha dirigido al Waitakere United ha sido Chris Milicich, responsable durante diez temporadas no consecutivas. En su segunda etapa logró los primeros títulos, entre ellos la Liga de Campeones oceánica.[5] Cuando Milicich se marchó a la selección neozelandesa sub-20 fue reemplazado por Neil Emblen, quien compaginó las labores de jugador y entrenador hasta su salida en 2012 y se convirtió en el técnico más laureado del club.[6]
